Sikkerheten
Når det gjelder ulykkesrisikoen er sju trafikksikkerhetskriterier vurdert ut fra Miljöbalken (svensk miljølov). Det gjøres en sammenligning mellom vei, jernbane og høyhastighetsbane. Den viser lav trafikksikkerhet for vei, lav-høy for jernbane og høy trafikksikkerhet for høyhastighetsbane.
Med en sikkerhetslisens kategori A og B og jernbanekjøretøy som oppfyller TSD Rullende materiell muliggjør alle stater i EU og EØS samt Sveits som har utstedt sikkerhetssertifikatet, tilgang til det svenske, norske og Skagerrakbanans jernbanenett.
Skagerrakbanan kommer til å ha godkjent tillatelse for jernbanevedlikehold og drift ifølge European Union Agency for Railways og deres nasjonale organ. Alle tillatelser fornyes etter fem år.

Høyeste sikkerhet og laveste LCC-kostnad skal selvsagt etterstrebes i jernbaneprosjektet. Derfor er kombinasjonen landskapsbro med ballastfritt (fiksert) spor den beste og billigste løsningen. Brobanealternativet har ekstremt høy trafikksikkerhet. Det er enklere å bygge et ballastfritt spor på brobane enn å legge et ballastspor på en jernbanebro. Det skyldes at overgangssonene mellom jernbanebroen og vollen er sensitive fordi spornivået beveger seg ulikt mye på grunn av ulike elastisiteter for henholdsvis bro og voll. På ballastfritt spor har det ikke forekommet noen avsporinger med høyhastighetstog, så det er altså sikrere.