Säkerheten
När det gäller olycksrisken är sju trafiksäkerhetskriterier värderade utifrån miljöbalken. En jämförelse görs mellan väg, järnväg och höghastighetsbana. Den visar låg trafiksäkerhet för väg, låg-hög för järnväg och hög trafiksäkerhet för höghastighetsbana.
Med en säkerhetslicens kategori A och B och järnvägsfordon som uppfyller TSD Rullande materiel möjliggör alla stater i EU, EES och Schweiz som har utfärdat säkerhetscertifikatet tillgång till det svenska, norska och Skagerrakbanans järnvägsnät.
Skagerrakbanan kommer att ha godkänt tillstånd för järnvägsunderhåll och drift enligt European Union Agency for Railways och deras nationella organ. Alla tillstånd förnyas efter fem år.
Självklart ska högsta säkerhet och lägsta LCC kostnad eftersträvas i järnvägsprojektet. Därför är kombinationen landskapsbro med ballastfritt (fixerat) spår den bästa och billigaste lösningen. Brobanealternativet har extremt hög trafiksäkerhet. Det är enklare att bygga ett ballastfritt spår på brobana än att lägga ett ballastspår på en järnvägsbro. Det beror på att övergångszoner mellan järnvägsbro och bank är känsliga eftersom spårläget rör på sig olika mycket på grund av olika elasticitet för bro respektive bank. På ballastfritt spår har inga urspårningar förekommit med höghastighetståg vilket gör det säkrare.